Volume 3: La raison d'Agir
Kenshin et Sanosuké reviennent au dojo avec cette femme mysterieuse nommée Megumi. Il s'avère que les Oniwaban shû et Kanryû Takeda un trafiquant d'opium et d'armes sont derrière tout ca, Hyottoko et Beshimi deux membres des Oniwaban shû ont pour mission de récuperer Megumi du dojo Kamiya, mais ils echouent et Yahiko, voulant protéger Megumi recoit un balle empoisonée, avec l'aide de Megumi qui s'avère être en fait une apprentie medecin dexception (Megumi fait partie d'une famille de médecins très réputés du fief d'Aizu, mais sa famille est morte pendant la guerre civile, elle est la seule rescapée), elle reussit a soigner Yahiko.
Plusieurs jours plus tard Megumi explique à Kenshin et Kaoru qu'ils veulent la récupérer pour pouvoir continuer a fabriquer la toile d'araignée, une sorte d'Opium très puissant et qui crée une forte dépendance chez l'individu, à l'origine elle etait l'assistante d'un medecin qui travaillait sur cette sorte d'opium, elle et le medecin étaient les seuls a connaitre la secret de cet Opium et il travaillait ainsi pour le compte de Kanryû Takéda, mais un jour le médecin est mort accidentellement et Megumi n'a pas eu d'autres choix que de continuer à produire malgré elle. Sanosuké découvre alors de son côté que l'opium qu'il a retrouvé (cf:fin du volume 2) est bien le même que celui qui a tué son ami, par la suite il considère Megumi comme une trafiquante et refuse de l'aider.
Dans le même journée, Megumi est capturé par un espion des Oniwaban shû, il l'amène alors dans une forêt pour parler a Kanryû, celui-ci fait du chantage et lui demande de revenir travailler pour lui, ou sinon il réduirait en cendre le dojo Kamiya, Megumi n'a pas le choix et accepte, elle ecrit un mot à Kenshin en disant qu'elle retrourne travailler chez Kanryû de son plein gré, mais Kenshin comprend bien là qu'il s'agit d'une ruse mise en place par Kanryû et après avoir raisonné Sanosuké, il part rechercher Megumi avec lui et Yahiko dans la ville de Kanryû Takéda. De son côté Megumi tente desespérément de tuer Kanryû mais sans succès, il décide alors de la torturer pour connaitre le secret de la fabrication de l'opium, Kenshin arrive alors à hauteur du balcon de la pièce ou se trouve Kanryû et lui demande de livrer Megumi tout de suite, celui-ci négocie une heure le temps de percer le secret de la toile d'araignée et de s'echapper.
Aoshi l'Okashira des Oniwaban shû rêve d'affronter l'assassin le plus populaire du Bakumatsu et dit à Kanryû que ce soir, lui et les Oniwaban shû ne seront pas là pour veiller à sa protection! ce qui provoque la colère de Kanryû qui prévoit un plan pour se venger d'eux en même temps que de Kenshin...